オンチップウェビナー第三弾 Q&A:「腸内細菌叢の機能理解に向けたメタボロゲノミクスアプローチ」 慶應義塾大学 先端生命科学研究所 福田 真嗣先生 - セルソーター セルアナライザー フローサイトメトリー | オンチップ・バイオテクノロジーズ

オンチップウェビナー第三弾 Q&A:「腸内細菌叢の機能理解に向けたメタボロゲノミクスアプローチ」 慶應義塾大学 先端生命科学研究所 福田 真嗣先生

2020年10月9日に開催されたシスメックス株式会社・オンチップ・バイオテクノロジーズ社合同ウェビナー第三弾のQ&Aです。
「腸内細菌叢の機能理解に向けたメタボロゲノミクスアプローチ」
慶應義塾大学 先端生命科学研究所 福田 真嗣先生
ご質問等がございましたらinfo@on-chip.co.jpにご連絡くださいますようお願い致します。

以下、ウェビナーの際に頂いたご質問とその回答になります。

Q: エマルジョン・GMD作製後はどの程度安定性が保たれているのでしょうか?

A: 長岡技術科学大学の小笠原先生の所では、環境微生物を1か月培養していたりしています。

Q: 糞便サンプルをドロップに封入する際、初濃度はどのように設定されていますか?

A: エマルジョンサイズにより必要サンプル濃度が変化します。福田先生の所では糞便の重さを基準にしてドロップレットの中に1個になるように希釈率を算出しています。

Q: GMDの解析は嫌気性培養装置の中ですべての実験ができるのでしょうか?

A: 一番大きなタイプ(作業スペース2人分)の嫌気チャンバーであれば、弊社の3製品を入れることが出来ます。しかしながら、作業スペースがかなり小さくなりますので、通常作業用に小さい嫌気チャンバーを別途準備頂くことを推奨しております。

Q: ソーティングはドロップレットの状態でされているのでしょうか?

A: 福田先生の所のサンプルでは、ゲルボールの状態でソーティングしています。しかしながら、分泌物は抜けやすいとのことですのでドロップレットの状態でされるときもあるそうです。

Q: GMD内で培養に向いている菌、そうで無い菌もあるのでしょうか?

A: GMDというよりは培地の種類によって向き不向きが生じます。そのため培地の選択が重要になってくるものと思われます。

Q: 糞便から実験に必要な細胞を抽出する際、前処理はどのように行われてますでしょうか?

A: 培地に懸濁後、主にサイズフィルターを使用して大きなゴミを除いておきます。それをサンプルとしています。

Q: ソーティングで、統計上有意な結果を得るためにはどれぐらいの数のGMDが必要なのでしょうか?

A: 基本的には通常のフローサイトメーターと同じ考え方で良いかと思います。ソーティングしてバルクでNGSであれば、5~10万個あれば良いかと思いますし、1細胞を分注して解析であれば1000~3000個を目標にしています。

Q: 短鎖脂肪酸は1種類の菌が作っているのでしょうか?それとも複数でしょうか?

A: 短鎖脂肪酸は多くの腸内細菌でもつくります。ただし、短鎖脂肪酸を作るためにはそれぞれの腸内細菌でエサが異なるため、エサの選択が重要になってきます。

Q: 大腸がんの患者さんで、例えば抗がん剤を使用したかどうかで菌叢が変化することなどありますか?

A: 抗がん剤および併用薬剤の種類によっては、ありえるかと思います。特に副作用として消化器系に出る場合は、常在細菌叢のバランスが崩れることが関与している可能性もあるそうです。

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